偶尔手淫是释放性紧张的安全有效的方式，但一些有害的手淫方式常会导致严重的后果。

有些青少年喜欢用笔杆、稻草秆、发夹、塑料丝等物插入尿道，以企求获得快感，从而在有意无意的情况下导致泌尿系异物，其中以男性多见。异物引起尿道或膀胱颈梗阻时可造成排尿困难或尿潴留，并伴泌尿系统感染，最后形成泌尿系统结石症。未成年女性在手淫时会出于好奇心将钢笔、筷子、果核、豆类等塞进阴道，如果物体较大时将不能自行取出，时间久了可引起感染、出血、疼痛。

有的男子从开始手淫时便采取了种种错误的方式，如把阴茎向下向后压迫，夹在两腿中间，凭这种挤压而获得一定快感，并不摩擦，也不追求射精高潮。由于长期采取这种方式获得自我刺激，结果造成对精的抑制，导致婚后性生活不能射精。从而可能造成男性不育症。

系变态手淫方式之一，自行刺激时往往伴用各种方法造成大脑缺氧，这样在半窒息状态下获得性高潮，以此增加性快感程度，使用不当有窒息致死的危险。